Jan Wagner wurde im Oktober 1971 in Hamburg geboren und wuchs in Schleswig-Holstein auf. Er studierte Anglistik und Amerikanistik, zunächst an der Hamburger Universität, dann ein Jahr lang am Trinity College in Dublin, Irland, bevor er 1995 nach Berlin zog, wo er seither lebt.
Dort widmete er sich zunächst verstärkt der Arbeit an der internationalen Literaturschachtel Die Aussenseite des Elementes, die er ab 1995 gemeinsam mit Thomas Girst und einem wechselnden Redaktionsteam herausgab, bis das Projekt 2003 nach elf Ausgaben eingestellt werden mußte. Die Aussenseite des Elementes war eine zweimal im Jahr zum Selbstkostenpreis erscheinende, nach dem Vorbild Marcel Duchamps in einer Schachtel präsentierte und im Offsetdruck erstellte Loseblattsammlung, die den Leser einlud, seine eigene Reihenfolge zu komponieren, die Sammlung nach persönlichen Vorlieben und Antipathien zu ordnen. Neben zwei Schwerpunktausgaben zu zeitgenössischer persischer und niederländischer Dichtung, neben unpublizierter Lyrik und Prosa von jungen wie auch von namhaften Autoren aus aller Welt, versammelte die Literaturschachtel graphische Arbeiten und bat zudem für jede Ausgabe einen bildenden Künstler hinzu, um ein Gimmick, eine der Auflagenhöhe entsprechende Beigabe zu kreieren.
Seit dem Jahr 2001, als im Berlin Verlag sein erster Gedichtband Probebohrung im Himmel erschien, ist Jan Wagner als freier Lyriker, Übersetzer und Literaturkritiker tätig. Rezensionen verfaßt er regelmäßig für die Frankfurter Rundschau, daneben auch für andere Zeitungen, Literaturzeitschriften sowie den Rundfunk. Übersetzungen liegen, in Buchform oder in Zeitschriften und Anthologien, von Charles Simic, James Tate, Matthew Sweeney, Jo Shapcott, Simon Armitage, Robin Robertson und vielen anderen vor.
Als Herausgeber publizierte er gemeinsam mit Björn Kuhligk 2003 im DuMont Verlag die Antholgie Lyrik von Jetzt. 74 Stimmen, eine umfassende Sammlung junger und jüngster deutschsprachiger Lyrik, zu der Gerhard Falkner das Vorwort verfaßte. Ein Nachfolgeband erschien unter dem Titel Lyrik von Jetzt zwei. 50 Stimmen 2008 im Berlin Verlag.