京都のゲーテ・インスティトゥートは、1963年、ゲーテ・インスティトゥート京都支部として、当時の財団法人日独文化研究所の館内に開設され、その活動を始めました。
1983年には、当時のドイツ連邦共和国ヘルムート・コール首相のもと、京都御所と京都大学の間に位置する鴨川沿いの現在地に移転し、新しいドイツ連邦共和国所有の建物がオープンしました。
2010年夏まで、当館では、文化芸術関連の様々な催しやドイツ語コースが開催され、ドイツ文化センターとの通称で、日本の市民の方々に親しまれてきました。 2010年秋の改修工事を経て、当館は、2011年4月より、ドイツの招聘アーティストと日本の芸術家の出会いの場である、アーティスト・イン・レジデンス(滞在型芸術創造空間)となりました。
図書室とホールは改修され、新たな利用者層にも対応しました。2階は、ゲーテ・インスティトゥート「アーティスト・イン・レジデンス」プログラムの招聘アーティストのためのアパートメント兼アトリエとなっています。2011年4月には、1階にカフェがオープンしました。
2011年10月26日、ヴィラ鴨川は、当時のクリスティアン・ヴルフ ドイツ連邦共和国大統領とクラウス=ディーター・レーマン ゲーテ・インスティトゥート総裁により公式な開所式を行いました。
ゲーテ・インスティトゥートの沿革と使命 (ゲーテ・インスティトゥート総裁、カローラ・レンツ講演)