Der Aufruf zum Widerstand, zur Hoffnung und zur Veränderung ist eine Konstante im Werk von Peter Nestler. Nach seinen Worten muss die größte Verantwortung eines Filmemachers darin bestehen, "zuzugeben, anzuerkennen und gemeinsam mit anderen zu sagen: Das muss sich ändern, das muss erhalten werden oder das darf nicht ignoriert werden". Von seinen frühen Porträts ländlicher und industrieller Gemeinschaften in Deutschland und England, die nach dem Wirtschaftswunder auf der Strecke geblieben sind, über seine "Objektbiografien", die das Leben von Materialien und deren Produktionsprozesse dokumentieren, bis hin zu seinen zahlreichen Untersuchungen der Geschichte von Verfolgung, Unterdrückung und Widerstand gegen den Faschismus und seine erschreckende Fortsetzung, haben Peter Nestlers Filme immer das erforscht und offengelegt, was trotz historischer Amnesie und politischer Trägheit absichtlich ignoriert und vergessen wurde.
Von 1960 bis heute hat Nestler mehr als sechzig Filme gedreht, viele davon in Zusammenarbeit mit seiner Frau Zsóka Nestler und anderen Filmemachern und Künstlern. Die Arbeit für ein junges Publikum half ihnen, einen didaktischen, formal klaren, informativen und fesselnden Prozess des Filmemachens zu entwickeln. Ihre Filme erforschten immer wieder die komplexen Beziehungen zwischen Ton und Bild durch den Einsatz von Erzählungen, Zeugenaussagen und Musik.
Darüber hinaus verfasste er fein gearbeitete Reisetagebücher, die von seinem starken Engagement für die Erhaltung der Natur und der lokalen und indigenen Kulturen inspiriert sind (Die Nordkalotte, 1991, Pachamama - Unsere Erde, 1995). In den letzten Jahren ist eine Kontinuität in seinem Werk zu erkennen, zuletzt ein Diptychon, das sich mit den Ungerechtigkeiten gegen Roma und Sinti und deren Widerstand befasst (Unrecht und Widerstand, 2022, und Der offene Blick, 2022).